Los proyectos en ejecución actualmente por parte de la Fundación Natura están orientados a sistemas productivos (café, cacao, ganadería, turismo), investigación en temas forestales y de biodiversidad en general, y temas de punta en la discusión ambiental internacional como cambio climático.
Las áreas geográficas de intervención incluyen todo el territorio colombiano, con énfasis en las regiones Pacífica (Chocó Biogeográfico), Amazónica y Andina.
Adicionalmente, la Fundación en la expansión de sus horizontes de trabajo, trabaja en un ámbito supranacional, a través de la Fundación Natura Regional.
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