La Fundación Natura realiza acciones a nivel local con fuerte presencia y énfasis en las comunidades y la gente; también trabaja mediante la articulación a propuestas territoriales como la creación y manejo de áreas protegidas, apoyo a territorios colectivos (comunidades negras e indígenas), áreas privadas de conservación y municipios; a nivel regional con trabajo con administraciones locales y regionales, instituciones del estado como CARs y MAVDT, universidades, institutos de investigación, otras ONG;  a nivel nacional con organizaciones ONG, instituciones del estado, etc. para la formulación y apoyo de políticas; a nivel internacional interactuamos con otras ONG, organizaciones, redes y apoyo a la formación de conocimiento sobre la biodiversidad y sus diferentes niveles de aproximación.

En su trabajo para lograr el impacto esperado con los diferentes socios, y teniendo en cuenta que para su accionar no trabaja sola, pues siempre es más productivo trabajar en alianzas con diferentes grupos de actores bajo la premisa de ganar-ganar, la Fundación Natura aplica un proceso para el desarrollo de planes, programas y proyectos.  Este proceso consiste de 6 pasos secuenciales y de unas líneas transversales - participación, divulgación, monitoreo, evaluación y género -, en una plataforma institucional definida en sus estatutos.

1. Análisis situacional

Comprensión de una situación para diseñar la forma de actuar y transformar la realidad. Buscamos identificar los cambios necesarios en la realidad de tala manera que permitan la multiplicación del cambio identificando  de problemas concretos.

2. Caracterización de la realidad

Análisis de los aspectos socioeconómicos, culturales y biofísicos, basado en el conocimiento de la riqueza de la biodiversidad a través de la investigación, presencia en el campo y participación de las comunidades.

La Fundación Natura se articula con la problemática nacional e internacional y trata de comprender la relación entre riqueza en biodiversidad y altas condiciones de pobreza e inequidad de las poblaciones; por lo tanto, está en la búsqueda de alternativas de uso sostenible de la biodiversidad que mejoren las condiciones de vida de las comunidades con las que trabaja, la mayoría de las cuales también están inmersas en un contexto de violencia armada y de conflicto por uso de los recursos naturales y cultivos de uso ilícito.

3. Identificación de los socios

De acuerdo con  la situación identificada, incluye la caracterización de los distintos tipos de socios para la construcción de alianzas

4. Plan de acción participativo

Diseño de las estrategias y acciones en la cual participan los socios estratégicos.
El proceso responde a los lineamientos de la planificación integral de conservación basada en ecoregiones, fundamentada en la biología de la conservación, orientada a procesos de corto hasta largo plazo que actúan sobre la biodiversidad y reconoce la importancia que sobre ella tienen los cambios ambientales permanentes, tanto naturales como causados por la acción humana y prioriza la integridad y conectividad de los ecosistemas naturales,  respetando y considerando las necesidades humanas a satisfacer en un proceso de desarrollo sostenible y utilizando las herramientas de planificación regional.

5. Ejecución de actividades

Se desarrollan las actividades identificadas en el paso anterior, cumpliendo los acuerdos establecidos, basándose en el manejo adaptativo, es decir se hace un monitoreo permanente y una evaluación periódica de los objetivos de la acción y si hay necesidad de hacer cambios  se tomas las medidas necesarias y oportunas para incorporarlos.

6. Cierre

Una vez concluido el plan de acción o proyecto se procede al cierre. Generalmente consiste en consolidar los productos y entregarlos a los socios  y difundirlos entre los interesados; este momento pueden tomarse dos vías: o se le da continuidad a la acción y se comienza el proceso desde la planificación participativa o se cierra el ciclo.